洁净厂房设计，应仔细了解产品生产工艺特点和要求，正确规划洁净室（区）和恰当地确定空气洁净度等级，精心进行洁净厂房的平面和空间设计，将工艺生产区、生产服务区、人员净化、物料净化和其他辅助用房分区布置，同时考虑生产操作、工艺设备的安装和维修、管线布置、气流流型以及净化空调系统、各种公用动力设施进行综合协调，做出既满足产品生产质量要求和空气洁净度等级要求的较小的洁净室面积和合适的洁净空间，最大可能地降低能量消耗的洁净室平面和空间布置。尽可能采用洁净小室、洁净工作台、层流罩、洁净隧道、微环境等方式，降低高级别洁净室面积，更是减少能量消耗、节约能源的可行措施。
1、尽力采用热回收系统或装置 在洁净厂房设计中，认真了解产品生产工艺特点和设计中所采用的各种设备的特点，尽力采用热回收系统或装置。回收较高（低）温度的排风热（冷）量。对于洁净厂房内较大风量的高温排风或较低温度的直流排风，在经过技术经济比较后采用热回收装置加热或冷却新风.
2、洁净厂房的位置选择 洁净厂房位置选择时应尽可能地设置在大气含尘和有害气体浓度较低、自然环境较好的区域，以减轻洁净厂房的净化空调系统的过滤装置的负载，从而减少经常的运行能量的消耗。
3、工厂总平面布置 在工厂总平面布置时，在确保空气过滤器产品生产质量的前提下，尽可能地按产品生产工艺要求有序地将各生产车间、辅助生产车间、仓库、公用动力设施组合为一幢综合生产厂房，做到缩短各种公用动力管线、减少运输量或运输距离，并使某些公用动力设施靠近负荷中心，从而可以做到减少能量损耗，提高能源使用效率。
4、洁净厂房内的工艺平面布置 在进行洁净厂房内的工艺平面布置时，应十分重视贯彻节能的要求。如在洁净室内只能布置有洁净要求的生产工序、生产设备和必要的房间，且应按不同的空气洁净度等级要求分别集中布置，尽最大努力减少洁净室的面积，因为减少洁净室的面积或减少高级别的洁净室的面积就是降低能量消耗。在满足生产工艺和噪声要求的前提下，要求洁净度高的洁净室尽量靠近空调机房布置，以减少管线长度，减少能量损耗。